改編自日本漫畫家青山剛昌漫畫系列《名偵探柯南》的第 20 部劇場版。

由「黑色」來裁決「黑色」...... 德國，加拿大，還有倫敦。世界各國在黑衣組織導致下發生暗殺事件！這些目標的共同點是：都曾經潛入過組織！組織的目的到底是什麼？不久後，琴酒的腳步很快就走向日本。這場暗殺大戲不過只是一個開始。

宿命的相遇，就這麽突然地......

東都水族館迎來大規模翻新。爲了一窺成爲焦點的館標——雙輪式巨大摩天輪——而前來的柯南一行人，就在那兒遇見一位受傷的神秘女性。看來她好像是因爲某個原因而失憶了。綫索僅有那支已經損壞的手機。柯南和少年偵探團一起答應幫忙找回她的記憶。在那時，灰原察覺到異樣。那個女子是擁有左右眼不同顔色的「異色瞳」。

被揭發的雙面間諜！

因爲瞳孔顔色的特徵一樣，灰原擔心這位神秘女性的真實身份就是組織的 NO.2 = 蘭姆。另一方面，柯南正在尋找機會逼近宿敵，但那個女子看到觀覽車後突然發作了。這時候，那個女子在喃喃自語地說「司陶特 (Stout)，雷司令 (Riesling)，阿夸維特 (Aquavit)，基爾 (Kir)，波本 (Bourbon) ...... 」。果然她的身份是黑衣組織的其中一員！很快地，她在警察醫院被保護了起來的時候，FBI 和公安似乎認爲時機已成熟，就靜悄悄地出動。

互相爭奪「秘密」！

根據 FBI 成員赤井秀一的調查，日本警察內部的某些數據被盜走的事情得到了證實。那是間諜名單—「NOC List（非官方臥底名單）」。如果這個數據送到組織手上的話，世界的情報機關就會崩潰，然後潛入組織的公安—安室透和 CIA —水無怜奈的性命也會處於危險。柯南和赤井一起追查事件的同時，琴酒將安室和水無拘禁起來。這時，在旁邊的貝爾摩德的手機響起。下達指示的那位是......？

被純黑浸染的記憶，將開啓巔峰決戰之門！