10 Jahre sind seit der Blockade von Naboo vergangen. 10 Jahre, in denen die Jedi-Ritter damit besch�ftigt waren die Interessen der Republik zu vertreten und f�r Frieden und Ordnung zu sorgen. Immer mehr Sternensysteme haben sich von der Republik unter der Schirmherrschaft einer Separatistenbewegung abgekapselt, welche von dem ehemaligen Jedi-Ritter Count Dooku angef�hrt wird. Um sich gegen die Separatisten zu wehren, wird im Senat die Aufstellung einer Armee der Republik diskutiert, weswegen Padm� Amidala, jetzt Senatorin von Naboo, nach Coruscant zur�ckkehrt, um im Senat vorzusprechen.
Kaum ist Padm� auf Coruscant eingetroffen, wird ein Anschlag auf sie ver�bt, der jedoch "nur" ihrem Double Cord� und ein paar Sicherheitsleuten das Leben kostet. Zu ihrer Sicherheit werden der Jedi-Meister Obi-Wan Kenobi und sein Padawan Anakin Skywalker damit beauftragt, Padm� zu besch�tzen. In der darauffolgenden Nacht wird ein weiterer Versuch gestartet, Padm� zu t�ten. Doch diesmal sind die Jedi zur Stelle und nehmen die Verfolgung auf. Ihre Spur f�hrt sie zu dem Wasserplaneten Kamino, auf dem die besten Kloner leben sollen.
W�hrend Obi-Wan nach Kamino rei�t, um der Sache weiter nachzugehen, eskortiert Anakin Padm� zur�ck nach Naboo, wo sie in Sicherheit ist. Auf diesem romantischen Planeten kommen sich die beiden immer n�her, doch beschlie�en sie letztendlich, sich nicht ineinander zu verlieben, da es rational gesehen f�r beide das Beste sei. Anakin plagen auf Naboo au�erdem Albtr�ume von seiner Mutter. Er sieht sie leiden und hat das Gef�hl, ihr helfen zu m�ssen. Deswegen fliegen Padm� und er nach Tatooine, das erste Mal seit 10 Jahren, dass Anakin wieder auf diesen Planeten zur�ckkehren w�rde...
Unterdessen hat Obi-Wan die Kloner auf Kamino ausfindig gemacht. Er findet heraus, ein gewisser Jedi-Meister namens Sifo-Dyas vor 10 Jahren eine riesen Klonarmee f�r die REPUBLIK in Auftrag gegeben hat. Obi-Wan vermutet jedoch, dass Sifo-Dyas zu der Zeit schon nicht mehr am leben war und wundert sich, wozu die Republik damals diese Armee gebraucht h�tte. Er erf�hrt, dass alle Klone einen Gen-Spender haben, den Kopfgeldj�ger Jango Fett. Obi-Wan begutachtet die beeindruckende Klonarmee und trifft schlie�lich auf besagten Kopfgeldj�ger. Von ihm erf�hrt er, dass er f�r diesen Klon-Job nicht von Sifo-Dyas, sondern von einem gewissen Darth Tyranus rekrutiert wurde. Und was noch wichtiger ist, Jango Fett steckt hinter den Anschl�gen auf Padm� Amidala. Nach kurzer R�cksprache mit dem Jedi Orden will er Jango gefangen nehmen und zum Verh�r mit nach Coruscant bringen. Doch endet dies in einem harten Zweikampf und Jango kann letztlich entkommen, jedoch nicht bevor Obi-Wan einen Peilsender an seinem Schiff montiert hat.
Auf Tatooine erf�hrt Anakin von seinem ehemaligen Besitzer Watto, dass dieser seine Mutter Shmi an einen Feuchtfarmer namens Lars verkauft hat. Dieser soll sie frei gelassen und geheiratet haben. Bei den Lars angekommen trifft er C-3PO wieder und erf�hrt von seinem Halbbruder und Stiefvater, dass Shmi von Tusken R�ubern gefangengenommen wurde und dass sie wohl nicht mehr am Leben sei. Anakin sp�rt jedoch, dass sie noch lebt und macht sich auf die Suche. Er findet Shmi in einem Lager der Tusken in einem grauenvollen Zustand. Sie kann ihm gerade noch sagen, wie sehr sie ihn liebt, bevor sie in seinen Armen stirbt. Vom Hass und von der Trauer getrieben st�rmt er aus dem Zelt und metzelt in unkontrollierbarem Zorn jeden einzelnen Tusken nieder.
Obi-Wan hat Jango Fett bis zu dem Planeten Geonosis verfolgt. Dort wird er Zeuge eines unfassbaren Komplotts. Count Dooku hat sich mit der Handelsf�deration und weiteren Organisationen zusammengetan und produziert vor Ort eine riesengro�e Droidenarmee um damit gegen die Republik zu k�mpfen. Diese Neuigkeiten sendet Obi-Wan sofort zu Anakin, welcher seine Hologrammaufzeichnung auch weiter nach Coruscant leiten soll�
W�hrend Shmis Beerdigung kommt R2-D2 herbeigerollt und teilt Anakin mit, er habe eine Nachricht von Obi-Wan erhalten. Dieser konnte die Informationen, die er in Erfahrung gebracht hat gerade noch �bermitteln, als er von Droidekas eingekreist und festgenommen wurde. Trotz anders lautender Anweisungen vom Jedi-Rat fliegen Padm� und Anakin nach Geonosis um Obi-Wan zu helfen.
Auf Coruscant wird derweil heftig �ber die neue Sachlage diskutiert. Es ist klar, dass nur der Oberste Kanzler Palpatine mit Hilfe von Sondervollmachten diese Klonarmee in den Kampf gegen die Separatisten schicken kann. Es ist schlie�lich Jar Jar, der im Senat diesen Vorschlaf unterbreitet und tats�chlich von der Mehrheit unterst�tzt wird. Yoda reist sofort nach Kamino um sich die Klone anzusehen, w�hrend Mace Windu mit 200 Jedi nach Geonosis aufbricht um Obi-Wan zu befreien.
Count Dooku versucht unterdessen den gefangenen Obi-Wan auf seine Seite zu ziehen, um gegen die Sith und die schwache Republik vorzugehen. Es stellt sich heraus, dass er der fr�here Meister von Qui-Gon Jinn, Obi-Wans verstorbenem Mentor war. Da Obi-wan sich davon nicht beeindrucken l�sst, erz�hlt Dooku ihm die ganze Wahrheit. Er erz�hlt, dass die Republik lange unter dem Einflu� des Sith-Lords Darth Sidious steht und dieser die Herrschaft an sich rei�en will. Doch nat�rlich glaubt ihm Obi-Wan nicht und weigert sich immer noch, sich Dookus Sache anzuschlie�en.
Auf Geonosis angelangt, werden Anakin und Padm� sehr schnell gefangen genommen und sollen zusammen mit Obi-Wan exekutiert werden. Kurz bevor die beiden in die Exekutionsarena gebracht werden, gesteht Padm� Anakin aufrichtig ihre Liebe zu ihm. Ihr gl�cklicher Moment dauert jedoch nur kur, da sie schnell in die Arena gebracht werden und von 3 Monstern get�tet werden sollen. Doch die drei wissen sich zu helfen und k�nnen sich gut gegen die drei Biester zur Wehr setzten, bis zus�tzliche Kampfdroiden in die Arena gelassen werden. Doch Hilfe naht. Mace Windu und 200 andere Jedi tauchen auf und eine riesige Schlacht entbrennt, in der viele Jedi ihr Leben lassen m�ssen. Durch die schiere �berzahl von Droiden sind die restlichen �berlebenden bald eingekreist, doch gerade im richtigen Augenblick taucht Yoda mit der Klonarmee und zig Kanonenbooten auf und rettet die Jedi. Nun bekomm die Schlacht noch gr��ere Ausma�e, dass die Separatisten den Klonen alles entgegen stellen, was sie haben.
Obi-Wan und Anakin verfolgen den fliehenden Anf�hrer der Separatisten, Count Dooku, in einen Hangar, wo es zum finalen Duell kommt. Der aggressive Anakin st�rmt sofort auf Dooku los, wird jedoch mit Leichtigkeit au�er Gefecht gesetzt. Auch Obi-Wan tut sich gegen die ausgefeilte Fectkunst Dookus schwer und ist unterlegen. Gerade als Dooku Obi-Wan niederstrecken will, kann sich Anakin dazwischen werfen. Aggressiv geht er gegen Dooku vor, doch kann auch er nicht lange Stand halten. Anakin verliert seinen rechten Arm und liegt nun selbst neben dem au�er Gefecht gesetzten Obi-Wan. Doch wieder kann Dooku nicht zum Abschlu� kommen, denn der Meister �berhaupt, Yoda!, kommt und rettet die beiden. Mit Leichtigkeit kann er die Macht-Duelle gegen Dooku bestehen und so bleibt ihnen nichts anderes �brig, als sich mit dem Lichtschwert zu bek�mpfen. Yoda ist unbeschreiblich schnell und Dooku hat keine wirkliche Chance gegen den kleinen Jedi. Nur durch einen Trick kann Dooku entkommen, indem er einen Kran auf Anakin und Obi-Wan fallen l�sst, den Yoda nun auffangen mu�. Dooku entkommt, aber Anakin und Obi-Wan sind gerettet.
Dooku flieht zu einem verlassenen Geb�udedistrikt auf Coruscant. Dort trifft er seinen Meister - Darth Sidious! Alles war genau so geplant, wie es abgelaufen ist. Der Krieg passt genau in den Masterplan von Sidious�
Obi-Wan diskutiert mit Mace Windu und Yoda �ber die "Wahrheit", die Dooku ihm erz�hlt hat. Yoda glaubt ihm nicht, jedoch sind sich alle einig, dass sie den Senat im Auge behalten sollten. Yoda hat eine d�stere Vision von der Zukunft. Dies war nur der Anfang eines gro�en Krieges. Begonnen der Klonkrieg hat.
Anakin hat Padm� wieder zur�ck nach Naboo begleitet, wo sie im Geheimen, nur mit den beiden Droiden C-3PO und R2 als Trauzeugen, heiraten.