El Departamento Agencia Nacional de Medicamentos (ANAMED), es el encargado del control de los productos farmacéuticos y cosméticos, que se fabrican localmente, se exportan o se importan para ser distribuidos en el país, garantizando su calidad, seguridad y eficacia. Desde el año 2016 el Instituto de Salud Pública de Chile, está acreditado por la Organización Panamericana de la Salud (OPS) como Autoridad Reguladora de Referencia Regional Nivel IV, máximo estándar del sistema regulatorio Panamericano.

Este Departamento otorga las autorizaciones sanitarias y registro de los productos farmacéuticos y cosméticos, además de ejercer una fiscalización y vigilancia activa de ellos.

Por otro lado, controla la internación y uso lícito de productos y sustancias estupefacientes, psicotrópicas y de sus precursores, al tiempo que mantiene actualizadas las bases de datos que registran tal uso en el país para responder a convenios internacionales de control de dichas sustancias.