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第1種若是報稅的該年度，為結婚或是離婚年度，就可以選擇合併或分開申報。如112年向戶政事務所辦妥結婚登記，今年5月申報綜所稅時，納稅義務人及配偶就可以自行決定要合併或分開申報。
第2種是若一方符合規定由他人列報受扶養親屬，另一方就可以單獨申報。比如父親滿60歲，由子女報扶養，那麼母親有所得，就應單獨申報，且適用的是單身標準扣除額。
第3種則是分居若符合法定要件，也就是難以維持共同生活，且不同居已經達6個月以上，可以向法院聲請宣告改用分別財產制。或是依照家庭暴力防治法規定取得通常、暫時或緊急保護另者，可以直接在「納稅義務人與配偶分居」註記是，系統就不會載入配偶的所得及扣除額，以避免重複申報。但若分居不符合法定要件，而無法合併申報，配偶欄位基本資料仍須填寫。
財政部提醒，納稅義務人及配偶雙方都有所得時，各類所得可以合併或分開計稅，計稅方式有5種，全部所得合併計稅、薪資所得分開記稅（細分以納稅義務人或配偶分開計稅）、各類所得分開記稅（細分以納稅義務人或配偶分開計稅）、可以依照所得結構計算，並選擇有利的方式。
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