Nach der Säkularisation verschlechterte sich das Verhältnis zwischen Kirche und Staat, insbesondere in Preußen. Historiker beschreiben einen Konflikt zwischen dem deutschen Reichskanzler Otto von Bismarck und Papst Pius IX. als einen „Krieg“. Doch die Wurzeln des Konflikts gehen tiefer. Ein Beispiel für die Auseinandersetzung war die Kontroverse zwischen dem Kölner Erzbischof und dem katholischen Theologieprofessor Georg Hermes von der Universität Bonn. Hermes‘ rationaler Ansatz und Nähe zur Aufklärung führten zu Konflikten mit der Kirchenlehre. Eine ähnliche Situation könnte sich in der Gegenwart wiederholen.
Die preußische Regierung griff hart durch, als der Kanzler das von der römischen Kurie gegen Hermes erlassene Urteil vollstreckte. Der Erzbischof wurde festgenommen und zwei Jahre lang festgehalten, ohne jemals vor Gericht gestellt zu werden. Dieser Vorfall wurde zum Testfall für die Gewissensfreiheit und das Lebensrecht der katholischen Kirche im mehrheitlich protestantischen Preußen. Trotzdem wuchs der Widerstand schrittweise. Es gab vermehrte Wallfahrten und Prozessionen, darunter die Heilig-Rock-Wallfahrt nach Trier im Jahr 1844 mit 500.000 Gläubigen in 50 Tagen.
Mit dem „Kulturkampf“ seitens Otto von Bismarck verschärften sich ab 1872 die Spannungen zwischen Staat und Kirche. Bismarck beschnitt die Rechte der Kirche schrittweise, was zur Bildung des Zentrums als katholische Partei im Reichstag führte. Der Staat setzte Maigesetze durch, um Einfluss auf die kirchliche Anstellung von Geistlichen zu gewinnen. Durch den Kulturkampf wurden zahlreiche katholische Einrichtungen geschlossen, und viele Bischöfe und Priester landeten im Gefängnis oder im Exil.
Die Diskriminierung während des Kulturkampfs stärkte den Zusammenhalt der katholischen Bevölkerung und führte zu einer Erhöhung der Unterstützung für das Zentrum. Nach dem Tod von Papst Pius IX. wurde der staatliche Druck ab 1880 allmählich zurückgenommen. Die Verfassung von Weimar im Jahr 1919 markierte einen deutlichen Schritt weg vom Kulturkampf, indem sie die Religionsfreiheit und die Rechte der Gläubigen unmissverständlich festschrieb. Heute sind die Kirche und der Staat in Deutschland getrennt, aber Kooperationen sind weiterhin möglich.
